L’opera è ambientata durante la seconda guerra mondiale. Dopo la perdita di sua madre per via dei bombardamenti di Tokyo, il giovane Mahito e suo padre si trasferiscono in campagna. Lì, il padre di Mahito si risposa con la sorella incinta della sua defunta madre e mentre il piccolo ragazzo lotta per affrontare i propri traumi, conosce un airone parlante ed entra in un altro mondo con la promessa di incontrare di nuovo sua madre.