Paddington vive ancora felicemente con la famiglia Brown a Windsor Gardens. Quando riceve una lettera dalla Reverenda Madre, l'allegra suora strimpellatrice di chitarre che gestisce la Casa degli Orsi in pensione, che lo informa che la zia Lucy sente molto la sua mancanza, sa che deve assolutamente andare a trovarla al più presto. Con il suo nuovo e scintillante passaporto britannico in mano, Paddington parte assieme ai Brown, e alla sempre intraprendente signora Bird, per un viaggio epico che nessuno di loro dimenticherà mai. Lungo la strada il gruppo incontra nuovi amici, tra cui l'affascinante capitano di battello Hunter e sua figlia Gina, che si uniscono a loro nelle loro emozionanti avventure attraverso la foresta amazzonica e sulle splendide cime delle montagne del Perù. Insieme il gruppo affronta sfide inaspettate e Paddington inizia a scoprire segreti sorprendenti sul suo passato. Tra alti e bassi, il suo incrollabile ottimismo e la sua gentilezza risplendono in questa nuovissima avventura cinematografica di Paddington che rafforza l'importanza della famiglia e la gioia di abbracciare il proprio retaggio.