Nel 2009 esce X-Men le origini - Wolverine, primo spin-off e prequel della trilogia; la regia passa a Gavin Hood. La trama del film è completamente incentrata sulle origini di Wolverine, sul suo rapporto conflittuale con il fratellastro Victor Creed e sulla nascita della tacita guerra fra militari senza scrupoli e mutanti. Sebbene alcuni elementi del film vengano ripresi nei successivi, è considerato non canonico.