Covid, Sky TG24 nel laboratorio che ricerca le varianti

22 feb 2021

Il laboratorio di microbiologia e virologia dell'ospedale Amedeo di Savoia di Torino è uno dei 4 in Piemonte in cui vengono sequenziate le varianti del covid per il progetto di rilevazione rapida varato dalla Regione e diretto dal professor Giovanni Di Perri, ogni giorno verrà analizzato l'1% dei nuovi casi positivi accertati con tampone molecolare, un campione scelto tra le reinfezioni di chi ha già avuto la malattia, tra i già vaccinati, tra i focolai e tra i casi gravi sotto i 50 anni. Perché è importante sequenziare le varianti? Perché il virus muta e può acquisire nuove proprietà rispetto a quelle che conosciamo, la variante inglesi gli si attribuisce, e son dati che cominciano a essere solidi, una maggiore contagiosità, per quanto riguarda la sudafricana e la brasiliana, a diverso titolo, sembrano in effetti poter, in parte almeno, evadere quella che è un'immunità precostituita, quindi o una precedente infezione o la vaccinazione. Questo ci preoccupa di più, è un elemento che va caratterizzato, quantificato in maniera precisa il prima possibile, perché da ciò può dipendere un diverso orientamento della futura campagna vaccinale. Questi biologi lottano contro il tempo e contro il virus che muta, è qui che avviene il primo passaggio per il sequenziamento delle varianti, quello del pre screening. Praticamente succede che su 3 geni del virus che vengono amplificati, uno non si amplifica con questo sistema di pre screening, la linea verde che rappresenta nella non amplificazione del gene della proteina Spike non si amplifica, perché c'è un buco nella sequenza del gene e questo lo vediamo con l'analisi di sequenza che faremo sul campione che è l'unica che ci può consentire di confermare la presenza di una variante e soprattutto di dire che tipo di variante si tratta. Ed ecco l'analisi di sequenza evidenziata sullo schermo, per identificare una variante questo risultato dovrà poi essere confrontato con la sequenza del virus che noi conosciamo, che qui corrisponde alla prima riga, sulla seconda, quella più basso, possiamo vedere come e dove il campione analizzato differisce. Come vedete ci sono i famosi buchi che al pre screening abbiamo identificato corrispondono alla mancanza di aminoacidi, la mancanza di queste minacce, insieme ad altre mutazioni che sono specifiche per ogni variante, identificano il tipo di variante, nella fattispecie abbiamo una variante inglese. Quanto tempo si impiega per sequenziare le varianti? Il sequenziamento delle varianti richiede almeno 4, 5 giorni, è un lavoro di alta complessità, richiede una grossa complessità dal punto di vista tecnologico che è sicuramente specialistiche, richiede un know how di un grande livello professionale.

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