Nel 2006 Bryan Singer viene sostituito da Brett Ratner alla regia di X-Men - Conflitto finale, capitolo che chiude la trilogia. La storia di Wolverine viene abbandonata e la trama si concentra sulla doppia identità di Jean Grey (che diventa una minaccia per il genere umano) e sui tentativi del governo di imporre una cura per il gene mutante. Vengono introdotti nuovi personaggi storici (come Bestia e Angelo), ma il cast rimane invariato, per quanto riguarda i personaggi principali.